本學系課程安排的主要考量在於如何培養學生有關宗教學的基礎知識及實務訓練，對宗教相關議題的理解、分析及批判能力。因而，除了傳授有關宗教學理論與方法，以及各種宗教的客觀知識之外，特別注重思考方法、學術精神與實務應用。

依此目標，大學部擬定出的課程重點為：
(一)理論與方法（宗教學各種研究途徑與哲學相關課程：宗教學概論、比較宗教學、宗教社會學、宗教人類學、田野調查、哲學概論、宗教哲學、中國哲學史、西洋哲學史等課程）
(二)廣義的宗教史（有關各種宗教傳統的課程：世界宗教導論、佛學概論、印度佛教史、中國佛教史、道教概論、道教史、伊斯蘭教概論、伊斯蘭教史、基督宗教概論、基督宗教史等課程）
(三)專題與實用（宗教事務管理、宗教實習、田野調查等課程）
必修課程以「理論與方法」及「宗教史」領域為主，選修課程以「專題」與「實用」為主。

研究所方面，「宗教學理論與方法」及「論文寫作」必修課屬於上述第一領域，其他選修專題課程則以廣義宗教史（以本所研究重點的佛教為主）與宗教社會現象為主要研討對象。